Stiftelsen har i uppdrag att dela ut stipendier till svenska medborgare för studier och forskning i Japan av japanskt samhällsliv.

Stiftelsen är angelägen om att välja stipendiater som kan bidra till att sprida fördjupade kunskaper i Sverige om olika aspekter av japanskt samhällsliv, snarare än att inrikta sig på några utvalda ämnes- eller kompetensområden.

Stipendier beviljas med fasta belopp om 12 000 kr för resekostnader, 8 000 kr för den första veckan i Japan och 6 000 kr per vecka för efterföljande veckor. Ordinarie stipendium kan sökas för en period av 2–12 veckor. Kontaktstipendium kan förekomma för två veckors vistelse i Japan, t.ex. som förberedelse för ett kommande projekt.

Japanstiftelsen samarbetar med Sweden-Japan Foundation, som på stiftelsens uppdrag sköter administrationen av stipendierna.